「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」(朝倉書店)を使ってバイオインフォの勉強を進めているところです Chapter 3.4 ゲノムアノテーション・ファイルの解析 Chapter 3.4では、まずGFF (genetic feature format) や GTF (general transfer f…
またもやデータをダウンロードできない事象が発生しました。 Githubで公開されているコード !rm -f atroparvus.fa.gz gambiae.fa.gz 2>/dev/null !wget ftp://ftp.vectorbase.org/public_data/organism_data/agambiae/Genome/agambiae.CHROMOSOMES-PEST.Agam…
この記事のテーマ 最近「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」(著・Tiago Antao/訳・阿久津達也、竹本和広/朝倉書店)を使ってバイオインフォの勉強しています。 ↓以下のリンクの本です バイオインフォマティクス: Pythonによる実践レシピ …
【論文タイトル】Recycling and metabolic flexibility dictate life in the lower oceanic crust 【著者】Li et. al. 【年】January 2020 【ジャーナル】Nature 【リンク】 www.nature.com 極限環境生物をご存知ですか? 普通なら生物が住めないような極限…
【論文タイトル】Gut Feelings Begin in Childhood: the Gut Metagenome Correlates with Early Environment, Caregiving, and Behavior 【著者】Flannery et. al. 【年】October 2019 【ジャーナル】mBio このごろ、腸内細菌については話題が尽きないですね…
【論文タイトル】Conversion of Escherichia coli to Generate All Biomass Carbon from CO2 【著者】Gleizer et. al. 【年】November 2019 【ジャーナル】Cell そういえば、少し前に話題になった論文をまだ読んでいなかったと思って、 本日はCell誌より出さ…
【論文タイトル】Long-term stability and Red Queen-like strain dynamics in marine viruses 【著者】Ignacio-Espinoza, Ahlgren & Fuhrman 【年】December 2019 【ジャーナル】Nature Microbiology 論文のタイトルに惹かれて読んでしまいました。 海洋ウ…
【論文タイトル】Successive passaging of a plant-associated microbiome reveals robust habitat and host genotype-dependent selection 【著者】Morella et. al. 【年】January 2020 【ジャーナル】PNAS 本論文は、植物とそれに関わる微生物についてです…
【論文タイトル】Stochastic pulsing of gene expression enables the generation of spatial patterns in Bacillus subtilis biofilms 【著者】Nadezhdin et. al. 【年】February 2020 【ジャーナル】Nature Communications 今回の論文はむずかしくて、うま…
【論文タイトル】Bridging Bacteria and the Gut: Functional Aspects of Type IV Pili 【著者】Ligthart et. al. 【年】March 2020 【ジャーナル】Trends in Microbiology 今回は腸内細菌における「繊毛 (Type IV pili)」についてのレビュー論文を紹介しま…
【論文タイトル】Full-genome evolutionary analysis of the novel corona virus (2019-nCoV) rejects the hypothesis of emergence as a result of a recent recombination event 【著者】Paraskevis et. al. 【年】April 2020 (Available online 29 Januar…
【論文タイトル】Proton Motive Force Disruptors Block Bacterial Competence and Horizontal Gene Transfer 【著者】Domenech et. al. 【年】March 2020 【ジャーナル】Cell Host & Microbe 今回は細菌の「コンピテンシー」に関する論文です。 細胞外から…
【論文タイトル】Bacterial Transformation Buffers Environmental Fluctuations through the Reversible Integration of Mobile Genetic Elements 【著者】Carvalho et. al. 【年】March 2020 【ジャーナル】mBio 「自然形質転換」ってご存知ですか? 多く…
【論文タイトル】Obesity-Related Microenvironment Promotes Emergence of Virulent Influenza Virus Strains 【著者】Honce et. al. 【年】March 2020 【ジャーナル】mBio タイトルにつられて本日はこの論文。 最近太った管理人にとっては、これは大問題!…
新型コロナの治療法に関するNature Review誌の論文を紹介しています。
【タイトル】Isolation of an archaeon at the prokaryote–eukaryote interface 【著者】Imachi et. al. 【年】January 2020 【ジャーナル】Nature この論文はタイトルそのまま、「原核生物と真核生物の境界のアーキアを分離」したそうです。 これはね・・・…