Chapter 3.4 & 3.5
「バイオインフォマティクス Pythonによる実践レシピ」（朝倉書店）を使ってバイオインフォの勉強を進めているところです
Chapter 3.4 ゲノムアノテーション・ファイルの解析
Chapter 3.4では、まずGFF (genetic feature format) や GTF (general transfer format) を操作するための「gffutils」 をインストールするところからスタート
こちらは普通にターミナル上で
conda install gfftils
とすればインストールできました。
★
そして毎回詰まるデータファイルのダウンロード、
相変わらずリンクの更新によりダウンロードできず (T T)
fastaファイルがあった Chapter 3.3 のときと同じ場所でgffファイルも見つかりました。
2022年2月4日時点でこちら↓のコードがワークしました！
import gffutils
import sqlite3
try:
db = gffutils.create_db('https://vectorbase.org/common/downloads/Legacy%20VectorBase%20Files/Anopheles-gambiae/Anopheles-gambiae-PEST_BASEFEATURES_AgamP4.2.gff3.gz', 'ag.db')
except sqlite3.OperationalError:
db = gffutils.Featuredb('ag.db')
★
Chapter 3.5 レファレンス配列からの遺伝子抽出
今回は新しくダウンロードするデータはないようで(´▽｀) ホッ
１つだけ、2020年9月にBiopythonで廃止されたAlphabetモジュールが使われています。
Alphabetと出てきたらシンプルにその1文を削除していただけたらOKかと・・・
たとえば、最初のAlphabetのインポートはなしで
from Bio import Seq, SeqIO
になります。
alphabet=...系も削除しちゃってください。
たとえば
seq = Seq.Seq('', alphabet=Alphabet.IUPAC.unambiguous_dna)
は
seq = Seq.Seq('')
で良いみたいです。
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